Der har i 2013 været tre Blå Flag strande i Sønderborg kommune ved henholdsvis Sønderborg Strand, Fynshav Syd og Vemmingbund Strand.
Der kan umiddelbart udvides med 2 Blå Flag strande på Nord- og Sydals i Købingsmark og Kerneland – og det har Teknik og Miljøudvalget bestemt, at kommunen skal.
Der kan desuden fra 2015 sættes Blå Flag ved strandene ved henholdsvis Alnor Strandpark, Sønderby (Kegnæs) og Mommark syd for marinaen, såfremt der gennemføres badevandsanalyser i 2014.