Sønderborg by har følgende folkeskoler: Ulkebøl Skole (0.-9. klasse), Sønderskov-Skolen (0.-9. klasse), Ahlmann-Skolen (0.-6. klasse) samt Humlehøj-Skolen (0.-9. klasse).
Ud over folkeskolerne i Sønderborg by er der også Privatskolen Als (0.-10. klasse), den internationale skole (0.-9. klasse) samt Deutsche Schule Sonderburg (0.-10. klasse).
Selvom Dybbøl-Skolen (0.-9. klasse) ikke geografisk er placeret i Sønderborg by, modtager skolen også en del elever fra de andre byskoler.
Humlehøj-Skolen er overbygningsskole til Ahlmann-Skolen.
Det vil sige, at eleverne fra Ahlmann-Skolen i 7. klasse automatisk indskrives på Humlehøj-Skolen, hvis ikke forældrene træffer anden beslutning.
Det erfares, at flere forældre på Ahlmann-Skolen vælger anden skole end Humlehøj-Skolen. Det gør, at forældrene, ned til 5. klasse, flytter deres børn til anden skole for at være sikre på, at der er plads på den givne skole.
Den større efterspørgsel på de andre overbygningsskoler udfordrer skolernes plads og elevtallet i klasserne.
Forvaltningen har fået grønt lys fra det politiske udvalg til at analysere mønstret i skolevalg blandt byskolerne, Dybbøl-Skolen og de private skoler i Sønderborg by samt at undersøge årsagerne til forældrenes valg og fravalg.
